相反一些比较机灵的流寇干脆躲进了南京百姓家中。当然躲是躲不过的，他们不知道的是毛钰深受网格化管理和暂住证的影响，对于外来人员的排查是别有心得。所以很多人就被揪出来，许多人被发现的时候往往挟持了当地百姓，结果自然被燧发枪一枪撂倒。

孔有德也终于赶到了，他留下了一个师在湖州，中途还跟李自成的队伍碰了面，不过只是一些零星的农民军想要趁机劫掠的，看到孔有德的军队自然屁滚尿流，孔有德也没有耽误。等到天亮抵达南京之后就接到了命令，接替陈继盛看守四门。陈继盛的军队随即加入清剿农民军的行列。四万多人的正规军进入南京城，整个额南京城当时就稳稳当当了。

到这个时候南京城内农民军的数量已经大致上和毛钰军队人数差不多。于是一场一面倒的屠杀开始了！陈继盛和尚可义、毛承福都秉承了毛钰锻炼队伍的方针，让六万将士在南京城内冲杀，几乎人人手上都沾满了血。许多没有杀过人的士兵在呕吐出肠胃里所有的东西后被长官要求清理战场，将那些没有死透的农民军补上几刀！

队伍推进很慢，却很有成效，基本上所到之处马上恢复秩序，枪声由远到近，再由近到远，追着农民军跑。许多南京的幸存的老百姓知道这是毛钰军路过，胆子大的也开始打开屋门看看外面什么情况，然后他们就看到了毛钰军将士那高大坚挺的背影和抱头鼠窜的农民军，所有人明白这才应该是官兵的样子！

许多幸存的乡绅的私兵也开始加入了毛钰的队伍。甚至一些普通百姓家的青壮在父母和妻子的要求下也加入了反击流寇的队伍。

从天亮持续到太阳西斜，剩下的三万农民军终意识到他们的闯王抛弃了他们，他们被毛钰的军队包围在了城内。毛钰用全城百姓走诱饵给他们来了一个稳重桌别！如今更是发动全程百姓，派遣数倍的军队围剿，他们那里还有活路。

毛钰当然不是用全南京百姓做诱饵，他是没想到冯铨等人那么果断，刚想好就直接开门揖盗。但是对于那些丧失了胆气的农民军来说不重要了，重要的是毛钰准备给他们一条生路。：

放下武器听从毛钰的安排是如今剩下的人最明智的选择。至于财宝，除了跟着闯王离开的人得到了他们的这一天辛苦劫掠来的钱财自然要归毛钰。这是毛钰的一贯做法。等待他们的可能是去矿井挖矿，也可能是去流云岛甚至南洋，不过总比几发子弹射杀来的好。

最终十几万农民军入城，毛钰四面合围、中心开花，将十几万农民军消灭的七七八八，李自成带走了两万五，最后投降的有三万，剩下四五万人在和南京百姓的博斗争死亡一部分，大部分则是死在皇城和国昌隆南京总部前面。整个额南京城充满了血腥，也让所有的南京人一夜惊醒，原来闹腾了十几年的流寇就这么轻易地进入了南京。

几乎所有人对于冯铨和徐鸿基之流自然是深恶痛绝，而毛钰很快也给出了大家答案，在确定高宏图、马士英等人安全之后，立即组织人手对投降派冯铨和徐鸿基等人进行抄家，所有的南京城内幸存的守军全大概三千人部没人鞭笞十下之后全部扔到江北去。至于后来从城内搜捕出来的一千多人则一律斩首，因为这些人不但临阵脱逃还很有可能参与了流寇洗劫百姓的行为。

很快冯铨就下不出来了，因为抄家的时候遭遇了剧烈反抗，尤冯铨家私兵大约五百人，被解决之后从家中光是抄出现银六十万两，南京城外良田二十万亩。府中库存粮食两万石，如果他坚持守城，李自成一日不破，他是能够坚持到最后的少数人。

魏国公徐洪家更是夸张，光是私兵就有两千人，这也避免了他们家被涌进来的流寇洗劫，便宜了毛钰。徐鸿基想过毛钰很霸道，没想到上来直接开打，还动用了10门步兵炮，直接将徐鸿基的府门红开，然后整整一个师的军队从四面